圣彼得堡的著名大学包括圣彼得堡国立大学（St Petersburg State University），简称“圣大”，是俄罗斯第一所大学，也是世界上历史最悠久的大学之一。它于1724年由彼得大帝敕令与彼得堡科学院一同创建，是俄语世界第一所大学，并且是世界上最著名的公立研究型大学之一。圣彼得堡国立大学在QS世界大学排名中位于世界百强名校之一，以其严格的教学要求和教学质量闻名。
圣彼得堡理工大学（Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University），成立于1902年，是圣彼得堡另一所著名的高等教育机构。它以工程学科为主，是俄罗斯重要的理工科大学之一。
圣彼得堡还有其他一些历史悠久的大学，如圣彼得堡国立技术大学、俄罗斯国立师范大学、圣彼得堡国立精密机械和光学学院、圣彼得堡电工大学和圣彼得堡国立工艺学院等。
