墨尔本大学共设有以下学院：
设计学院 （Melbourne School of Design）
文学院 （Faculty of Arts）
人文社科学院 （Graduate School of Humanities and Social Sciences）
政府学院 （Melbourne School of Government）
商业与经济学院 （Faculty of Business and Economics）
墨尔本商学院 （Melbourne Business School）
墨尔本职业与继续教育学院 （Melbourne School of Professional and Continuing Education）
教育学院 （Melbourne Graduate School of Education）
工程学院 （Melbourne School of Engineering）
信息学院 （Melbourne School of Information）
法学院 （Melbourne Law School）
医学、牙医与健康科学学院 （Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences）
墨尔本牙医学院 （Melbourne Dental School）
墨尔本医学院 （Melbourne Medical School）
墨尔本健康科学学院 （Melbourne School of Health Sciences）
墨尔本人口与全球健康学院 （Melbourne School of Population and Global Health）
墨尔本心理学院 （Melbourne School of Psychological Sciences）
生物医学学院 （School of Biomedical Sciences）
理学研究生院 （Faculty of Science）
生物科学学院 （School of BioSciences）
化学学院 （School of Chemistry）
地球科学学院 （School of Earth Sciences）
生态与林业科学学院 （School of Ecosystem and Forest Sciences）
地理学院 （School of Geography）
数学与统计学院 （School of Mathematics and Statistics）
物理学院 （School of Physics）
维多利亚艺术与音乐学院 （Faculty of Fine Arts and Music）
维多利亚艺术学院 （Victorian College of the Arts）
墨尔本音乐学院 （Melbourne Conservatorium of Music）
土地与环境学院
墨尔本大学还设有十三所住宿学院，提供独特的学院生活体验。
