马萨里克大学的专业设置非常全面，涵盖了自然科学、社会科学、医学、经济学、法律等多个领域。以下是一些主要的专业领域及其相关课程：
自然科学
应用生物化学
应用地理学
应用信息学
应用物理学
考古学
生物化学
生物学
化学
地质学
心理学
社会学
数学
应用数学
地理与绘图学
应用地理
人类学
人类生物学
物理
应用物理
社会科学
经济学
教育学
地质学
历史学
健康科学
国际领土研究
心理学
社会学
政治学
国际区域研究
社会政策与社会工作
人文环境
媒体与传播学
医学
护理
健康科学
普通内科
口腔病学
牙科专业
药学（本硕连读）
综合医学（本硕连读）
牙医学（本硕连读5年）
综合医学（本硕连读6年）
工程与技术
工程技术类
计算机与信息科学类
工程类
人文与社会科学
哲学
人文科学
历史科学
信息与图书馆学
语言学
教育学
