日本有多所优秀的医学院，每所都有其独特的优势。以下是一些被广泛认可的医学院：
东京大学医学部
东京大学医学部被认为是日本顶尖的医学院，具有极高的学术水平和研究实力。该学院门槛高，淘汰率高，但保证了教育质量。东京大学医学部在临床医学、脑科学等领域具有显著的影响力。
京都大学医学部
京都大学医学部与东京大学医学部并驾齐驱，具有旗鼓相当的学术地位。该校在多个一流科研机构中表现出色，如京都大学iPS细胞研究所。京都大学医学部的毕业生在科研和学术界普遍拥有举足轻重的地位。
大阪大学医学部
大阪大学医学部是日本7所帝国大学之一，其医学研究科十分优秀，在某种程度上已经超过了著名的东京医科齿科大学。2012年诺贝尔生物或医学奖获奖者山中伸弥就是在该校取得的博士学位。
东北大学医学部
东北大学医学部在医学科学系和健康科学系提供了广泛的医学教育。该校对招收留学生方面很是积极，留学生数量占到了50%的比例。东北大学的医工学研究科在医学研究方面一直走在日本医学界的前列。
九州大学医学院
九州大学医学院成立于1903年，下设医学系、健康科学系和生物医学系。该学院重点是培训医生、卫生保健专业人员和研究人员为世界服务。九州大学还设有牙科学院和药学院。
庆应义塾大学医学部
庆应义塾大学医学部是私立大学中的顶尖院校，医学学费昂贵，但教育质量高。该校在医学教育、研究、医疗保健和医务行政等方面均做出了很大贡献。
